居民企業(yè)在中國境內(nèi)跨地區(qū)（指跨省、自治區(qū)、直轄市和計劃單列市，下同）設立不具有法人資格分支機構(gòu)的，該居民企業(yè)為匯總納稅企業(yè)，企業(yè)所得稅實行匯總納稅管理，即匯總納稅企業(yè)實行“統(tǒng)一計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調(diào)庫”的企業(yè)所得稅征收管理辦法。具體征管按照國家稅務總局關于印發(fā)《跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理辦法》的公告（國家稅務總局公告2012年第57號）有關規(guī)定執(zhí)行。居民企業(yè)在中國境內(nèi)沒有跨地區(qū)設立不具有法人資格分支機構(gòu)，僅在同一省、自治區(qū)、直轄市和計劃單列市內(nèi)設立不具有法人資格分支機構(gòu)的，其企業(yè)所得稅征收管理辦法，由各省、自治區(qū)、直轄市和計劃單列市國家稅務局、地方稅務局參照2012年第57號公告規(guī)定聯(lián)合制定。1 應納稅額的計算需要注意的兩個問題1、一般計算方式總機構(gòu)分攤稅款=匯總納稅企業(yè)當期應納所得稅額×50％所有分支機構(gòu)分攤稅款總額=匯總納稅企業(yè)當期應納所得稅額×50％某分支機構(gòu)分攤稅款=所有分支機構(gòu)分攤稅款總額×該分支機構(gòu)分攤比例某分支機構(gòu)分攤比例=（該分支機構(gòu)營業(yè)收入／各分支機構(gòu)營業(yè)收入之和）×0.35+（該分支機構(gòu)職工薪酬／各分支機構(gòu)職工薪酬之和）×0.35+（該分支機構(gòu)資產(chǎn)總額／各分支機構(gòu)資產(chǎn)總額之和）×0.30分支機構(gòu)分攤比例按上述方法一經(jīng)確定后，當年一般不作調(diào)整。2、特殊情形比如：總機構(gòu)設在西部大開發(fā)稅收優(yōu)惠地區(qū)的企業(yè)，僅就設在優(yōu)惠地區(qū)的總機構(gòu)和分支機構(gòu)（不含優(yōu)惠地區(qū)外設立的二級分支機構(gòu)在優(yōu)惠地區(qū)內(nèi)設立的三級以下分支機構(gòu)）的所得確定適用15%優(yōu)惠稅率?？倷C構(gòu)設在西部大開發(fā)稅收優(yōu)惠地區(qū)外的企業(yè)，其在優(yōu)惠地區(qū)內(nèi)設立的分支機構(gòu)（不含僅在優(yōu)惠地區(qū)內(nèi)設立的三級以下分支機構(gòu)），僅就該分支機構(gòu)所得確定適用15％優(yōu)惠稅率。因此，總分機構(gòu)處于不同稅率地區(qū)的，先由總機構(gòu)統(tǒng)一計算全部應納稅所得額，然后按規(guī)定和經(jīng)計算的分攤比例，計算劃分不同稅率地區(qū)機構(gòu)的應納稅所得額，再分別按各自的適用稅率計算應納稅額后加總計算出匯總納稅企業(yè)的應納所得稅總額，最后按規(guī)定和經(jīng)計算的分攤比例，向總機構(gòu)和分支機構(gòu)分攤就地繳納的企業(yè)所得稅款。2 關于預繳稅款匯總納稅企業(yè)應根據(jù)當期實際利潤額，按照規(guī)定的分攤方法計算總機構(gòu)和分支機構(gòu)的企業(yè)所得稅預繳額，分別由總機構(gòu)和分支機構(gòu)就地預繳；在規(guī)定期限內(nèi)按實際利潤額預繳有困難的，也可以按照上一年度應納稅所得額的1/12或1/4，按照規(guī)定的預繳分攤方法計算總機構(gòu)和分支機構(gòu)的企業(yè)所得稅預繳額，分別由總機構(gòu)和分支機構(gòu)就地預繳。預繳方法一經(jīng)確定，當年度不得變更。需要注意的是建筑公司的項目部納稅問題依據(jù)《國家稅務總局關于跨地區(qū)經(jīng)營建筑企業(yè)所得稅征收管理問題的通知》（國稅函〔2010〕156號）規(guī)定，建筑企業(yè)總機構(gòu)直接管理的跨地區(qū)設立的項目部，應按項目實際經(jīng)營收入的0.2%按月或按季由總機構(gòu)向項目所在地預分企業(yè)所得稅，并由項目部向所在地主管稅務機關預繳。建筑企業(yè)所屬二級或二級以下分支機構(gòu)直接管理的項目部（包括與項目部性質(zhì)相同的工程指揮部、合同段等，下同）不就地預繳企業(yè)所得稅，其經(jīng)營收入、職工工資和資產(chǎn)總額應匯總到二級分支機構(gòu)統(tǒng)一核算，由二級分支機構(gòu)按照規(guī)定的辦法預繳企業(yè)所得稅。總機構(gòu)既有直接管理的跨地區(qū)項目部，又有跨地區(qū)二級分支機構(gòu)的，先扣除已由項目部預繳的企業(yè)所得稅后，再按照規(guī)定計算總、分支機構(gòu)應繳納的稅款3 關于匯算清繳匯總納稅企業(yè)應當自年度終了之日起5個月內(nèi)，由總機構(gòu)匯總計算企業(yè)年度應納所得稅額，扣除總機構(gòu)和各分支機構(gòu)已預繳的稅款，計算出應繳應退稅款，按照規(guī)定的稅款分攤方法計算總機構(gòu)和分支機構(gòu)的企業(yè)所得稅應繳應退稅款，分別由總機構(gòu)和分支機構(gòu)就地辦理稅款入庫或退庫。匯總納稅企業(yè)在納稅年度內(nèi)預繳企業(yè)所得稅稅款少于全年應繳企業(yè)所得稅稅款的，應在匯算清繳期內(nèi)由總、分機構(gòu)分別結(jié)清應繳的企業(yè)所得稅稅款；預繳稅款超過應繳稅款的，主管稅務機關應及時按有關規(guī)定分別辦理退稅，或者經(jīng)總、分機構(gòu)同意后分別抵繳其下一年度應繳企業(yè)所得稅稅款。注意：分支機構(gòu)也需要報送企業(yè)所得稅年度納稅申報表，格式參照企業(yè)所得稅月(季)度預繳納稅申報表。同時需附送《中華人民共和國企業(yè)所得稅匯總納稅分支機構(gòu)分配表》。