支付寶備用金逾期兩天的后果主要有：

1、功能被限制：逾期之后，備用金功能會被限制使用，要還清之后才可以再申請。

2、產生逾期費用：逾期后每天的費用與日常使用每天的費用一致，具體以頁面顯示為準。

3、影響信用：支付寶的備用金和螞蟻信用分掛鉤，備用金逾期會影響芝麻分，并且可能會留下不良的信用記錄。